Eigene Applikationen beim Reboot/Boot automatisch zu starten kann man beim QNAP TS-419-P+ über die autorun.sh steuern, wie im QNAP Wiki beschrieben.

Einzig der dort vorgeschlagene Ort ist etwas versteckt.
meine autorun.sh sieht deshalb so aus:

#!/bin/sh
/mnt/HDA_ROOT/myautorun.sh


Auf /share/MD0_DATA liegen eher Applikation, auf /mnt/HD0_ROOT liegen Systemdateien.

Verlagernd in eine andere Batch-Datei sollte man die autorun.sh in jedem Fall, um bei häufigem Editieren den Flash zu schonen.